Яков Сандаков в 2003 году окончил Пермскую государственную медицинскую академию имени академика Е.А. Вагнера по специальности «лечебное дело» и в 2006 году ординатуру по специальности «хирургия».
Он также получил второе образование в сфере экономики, менеджмента и управления в здравоохранении. Доцент, кандидат медицинских наук. В октябре этого года состоялась защита докторской диссертации.
В 2009 году возглавил в Перми Центр профессиональной медицины, хирургический стационар. После стал заместителем главного врача по хирургии городской детской больницы №15 Перми.
В 2014 году занимал должность заведующего хирургическим стационаром при международной клинике ЗАО МЕДСИ в Москве. Был заместителем главного врача Диагностического центра №3 в Москве. В 2017 году избран депутатом Совета депутатов муниципального округа Рязанский Москвы.
В ноябре 2020 года губернатор Иркутской области Игорь Кобзев подписал указ о назначении Якова Сандакова руководителем регионального Минздрава. До этого назначения он работал главным врачом городской поликлиники №109 Москвы.